东北大红萝卜可以通过窖藏、室内堆藏、冰箱冷藏三种方式储存过冬，只要控制好温度湿度，能存放3-5个月，保留脆嫩的口感。
1、室外窖藏是东北最传统的过冬储存方法，适合农村有庭院的家庭使用。选地势偏高、不积水的位置挖深度1.5-2米的地窖，窖底铺10厘米厚的干细沙，挑选没有破损、不带伤口的大红萝卜，根朝下顶向上整齐码放，每放一层萝卜撒一层薄干沙隔绝，全部码好后顶部盖一层草帘保温，降温后封窖留一个小通风口即可，能存到第二年开春。
2、城市没有地窖条件，可以选择室内堆藏或冰箱冷藏。室内堆藏选家里背光、温度偏低的阳台角落，底部铺一层干报纸，把带少量原土的萝卜摆好，外层盖一层厚棉被保温，0-5℃的环境下能存两个多月；冰箱冷藏要先切掉萝卜缨和顶芽，用保鲜膜逐个裹好放进保鲜层，能存1-2个月。
3、想要避免储存过程中出现糠心，选成熟度合适、表皮完整的萝卜，有伤口磕碰的萝卜要提前挑出来先吃掉，不要留着过冬存。储存前必须把萝卜缨、侧根和顶芽全部切掉，放在阴凉通风处晾1-2天，把表面多余的水分晾干，储存时控制温度在0-4℃，不要让温度忽高忽低，就能大大降低糠心的概率。
储存过冬的萝卜不需要额外做太多处理，定期检查挑出变质萝卜即可，吃的时候随吃随取很方便。