珍珠马甲鱼可以通过外形、体色等特征轻松区分公母。
1、从外形特征分辨：公珍珠马甲鱼的背鳍、臀鳍更长更舒展，末端偏尖，整体身形偏修长；母珍珠马甲鱼的鱼鳍偏短圆，身形更丰满，进入怀卵期后腹部会明显鼓胀，和公鱼的差异十分明显。
2、从体色特征分辨：成熟后的公珍珠马甲鱼体色更艳丽、光泽感更强，喉部到胸部还会长出标志性的橘红色婚姻色；母鱼体色偏浅淡，没有明显的橘红色婚姻色，整体光泽度也比公鱼弱很多。
3、关于分公母后是否需要分开养：日常无繁殖计划的饲养不需要分开，珍珠马甲鱼性格温和，只要饲养空间足够，混养不会产生大冲突；只有繁殖期需要将配对的公母鱼捞出，单独养在繁殖缸中，因为繁殖期公鱼有领地意识，会攻击其他闯入的鱼类。
如果没有繁殖需求，其实不用特意区分珍珠马甲鱼的公母，日常饲养只要控制好水质水温，就能让它们健康生长。