没摘的新鲜银耳最好连带整个菌棒一起放在低温阴凉通风处保存，不要提前摘下，能最大程度保留新鲜脆嫩的口感。
1、存放没摘的新鲜银耳时，要避开直射光和高温潮湿区域，最好把菌棒放在温度2-8℃的冰箱冷藏室，不要沾水也不要完全密封，可以保存1-2周不变质；如果室内温度低于15℃，放在家中阴凉通风的角落暂存也可以。
2、如果已经摘下且短期内要吃，先去掉银耳根部的硬杂质，用干净厨房纸吸干表面多余水分，装进留了小孔的保鲜袋，放入冰箱冷藏室，可以存放5-7天。
3、如果摘下后打算长期保存，有两种常用方法：一是焯烫后冷冻，把银耳撕小朵用开水焯1分钟捞出沥干，装密封保鲜盒放冷冻，能存1-2个月；二是脱水制成干银耳，蒸透后摊在向阳处晒干，密封放干燥处能存1年左右。
吃新鲜银耳尽量做到吃多少摘多少，摘下后尽快食用，保存时要注意观察，一旦出现发黏、发酸、长霉的情况就要立刻丢弃。