做好的臭桂鱼加热后配汤汁热米饭吃风味最佳，腌制冷藏的臭桂鱼煎制红烧后食用口感最好，不建议生吃或者直接冷吃。
1、常规腌制好的生臭桂鱼，最好做成红烧臭桂鱼食用：提前洗净臭桂鱼表面的盐渍和黏液，控干水分后下锅把两面煎至金黄，再加入葱姜、干辣椒、生抽、白糖焖煮几分钟，出锅后鱼肉蘸着鲜咸的汤汁吃，是最经典也最受欢迎的吃法。
2、如果是开袋即食的成品预制臭桂鱼，也推荐加热后食用，微波炉高火加热3分钟或者上锅蒸5分钟都可以，加热能把发酵的香气完全激发出来，比冷吃更够味，口感也更软嫩。
3、不管是自制腌制的生臭桂鱼，还是成品即食款臭桂鱼，都建议加热后再吃：一来臭桂鱼的发酵特殊香气只有加热才会充分散发，二来加热可以杀灭腌制过程中可能产生的杂菌，能避免引起肠胃不适，只有标注明确冷食的产品才可直接开袋吃。
吃臭桂鱼的时候要注意，它本身已经经过腌制盐渍，调味的时候要少放盐，避免过咸发苦影响口感。