洋葱变黑主要是切开氧化、存放不当感染霉菌、生长发育异常这三类原因导致的。
1、拆解洋葱变黑的具体诱因：切开后的洋葱含有酚类物质和氧化酶，接触空气后会发生酶促褐变反应，放置时间越长颜色越深，最终会变成黑色；完整洋葱发黑，大多是存放环境潮湿闷热，洋葱感染炭疽、腐霉等病害，霉菌繁殖侵蚀鳞茎导致发黑；少部分是洋葱生长期间缺肥、品种自然老化，会出现内部空心发黑的情况。
2、处理变黑洋葱的正确方法：如果只是切开后短时间氧化导致的表面轻度变黑，只需要切掉发黑的部分，剩下完好的部位可以正常烹饪食用；如果是霉菌感染导致的发黑，哪怕只有局部发黑，霉菌菌丝和孢子已经扩散到整个鳞茎，要直接整个丢弃；整体发软发糠、全颗发黑的老化洋葱，也直接扔掉不要食用。
3、判断变黑洋葱能不能吃：需要分情况定论，只有新鲜切开后短期氧化造成的轻度变黑，切除坏部位后可以吃，其余发霉变质、生长老化导致的变黑都不能吃，发霉洋葱携带的霉菌毒素不会被普通加热破坏，食用后可能引发肠胃不适。
日常存放洋葱要避开潮湿高温的环境，放在通风透气的容器中保存，切开后的洋葱密封后再放冰箱，尽量在1-2天内吃完，能减少发黑变质的概率。