小鱼干只要做好干燥脱水、密封隔氧，再根据存放环境调整保存方式，就能长期保存不发霉。
1、提前做好二次干燥。无论是市售还是自制小鱼干，保存前先检查湿度，如果摸起来发软发黏，说明水分超标，要放在太阳下暴晒半天，或者用烤箱100度低温烘10分钟，把水分彻底蒸发掉，从根源杜绝霉菌滋生的条件。
2、干燥低温环境可常温保存。如果北方秋冬干燥季节，或者室内长期温度低于25℃，可以不用放冰箱。把充分干燥的小鱼干装入无水无油的干净密封罐，盖紧后放在阴凉避光的储物柜里就能保存，只要容器不沾水不进潮气，能放3-6个月不发霉。
3、湿热环境建议放冰箱保存。南方梅雨季节、夏季高温高湿的环境下，最好放冰箱保存。提前把小鱼干分成单次食用量的小份，分别装入密封袋挤出空气封好，防止串味受潮，放冷藏室可保存1年左右，冷冻能放更久，完全不会发霉。
日常保存要注意，每次取用都要用干净无水无油的工具，取完及时重新密封，发现轻微返潮及时烘干，就能避免发霉变质。