刚挖出来的百合不能直接堆放闲置，需要先清理整理，再按照食用或留种栽种的不同用途做对应处理。
1、先清理整理：轻轻抖掉百合鳞茎和根系上附着的浮土，剪掉干枯发黄的地上残茎、腐烂发黑的须根，掰掉已经破损发软的鳞片；如果是食用百合就用清水冲净，沥干表面水分，如果是留种栽种的百合不要碰水，保留健康完整的鳞茎即可。
2、分类存放处理：如果是食用百合，短期内不吃可以用干净保鲜膜裹好，放进冰箱冷藏层能放1-2周，长期保存可以埋进干燥干净的湿沙里，或者处理好后放冷冻层，能存半年以上；如果是留种百合，放在通风避晒的阴凉处晾1-2天，等伤口完全收干就可以。
3、刚挖出来的百合不建议直接栽种，直接栽种的话，鳞茎上带的伤口没有愈合，很容易被土壤中的病菌感染，引发烂球烂根，降低成活率，等伤口收干之后再栽种，出芽率会高很多。
部分野生百合属于国家保护植物，私自采挖属于违法行为，仅可处理人工合法种植的百合。