红萝卜变黑主要是存放过程中氧化反应或者微生物侵染造成的，少数是栽培过程中养分缺失引发的生理性病变。
1、日常存放时，红萝卜本身含有的多酚类物质，长时间接触空气后会发生酶促氧化反应，慢慢生成黑色的色素沉淀，这是家庭存储红萝卜最常见的变黑原因。
2、如果存储环境潮湿闷热、通风性差，红萝卜很容易被黑腐病菌、霉菌等微生物侵染，不仅表皮会发黑长霉，还会逐渐扩散到内部，造成整块萝卜腐烂变黑。
3、如果只是表层轻微氧化变黑，萝卜硬度正常、没有异味，削掉发黑部分后可以正常食用；如果是微生物侵染导致的发黑、伴随发软发黏或异味，说明病菌已经扩散，不建议继续食用。
日常存储红萝卜要注意避开高温高湿环境，新鲜红萝卜尽量放在低温通风处存储，能有效延缓变黑变质的速度。