全麦粉发酸主要是原料本身的成分氧化，或是储存加工不当滋生微生物发酵导致的。
1、全麦粉保留了完整的麦麸和胚芽，和去掉胚芽的精面粉成分不同，胚芽里含有大量性质不稳定的不饱和脂肪酸，在储存过程中很容易发生氧化分解，产生带有酸味的代谢物，这是全麦粉放置后发酸最常见的原因。
2、如果是加工环节水分控制不达标，或是后续储存环境潮湿闷热，全麦粉因为营养丰富，很容易滋生乳酸菌、霉菌这类微生物，微生物会分解粉里的淀粉和糖分产生酸性物质，这种发酸一般还会伴随面粉结块、发黏的异常情况。
3、发酸的全麦粉能不能吃要分情况判断：只有轻微淡酸味，没有发霉、结块、变色的情况，属于轻度氧化导致的发酸，充分加热后可以少量食用，但不建议长期吃；如果酸味刺鼻，已经出现发霉结块，说明微生物大量繁殖还可能产生毒素，绝对不能继续食用。
日常买全麦粉尽量选小包装，开封后注意密封放在阴凉干燥处，发现发酸先观察状态再做处理，不要盲目食用也没必要一概丢弃。