豆芽之所以要泡在水里，核心目的是给豆芽萌发提供充足水分，同时维持稳定适宜的生长环境，保证长出脆嫩合格的可食用豆芽。
1 补充种子萌发必需的水分。我们用来发豆芽的干绿豆、干黄豆本身含水量很低，只有百分之十到十五左右，远达不到种子萌发的含水量要求。只有吸足水分让种皮变软、胚根顺利膨胀突破种皮，才能长出豆芽。泡在水里能持续稳定供给水分，比单纯喷水更容易避免缺水干芽的问题，出芽率也更高。
2 调控生长环境提升豆芽品质。泡在水里能把温度稳定在合适区间，避免环境温度忽高忽低损伤芽点；同时水层能阻挡大部分光照，避免豆芽提前合成叶绿素，长出来的豆芽嫩白脆爽，不会发柴发苦。如果不泡在水里，豆芽很容易受光照影响提前纤维化，口感会明显变差。
3 泡豆芽发绿完全可以正常吃，不存在毒素。很多家庭自己发豆芽都会遇到豆芽变绿的情况，其实发绿只是豆芽不小心接触到光照，合成了叶绿素而已，整个过程不会产生任何对人体有害的物质。只要豆芽没有出现发霉、长毛、软烂发臭的问题，哪怕发绿也可以放心吃，只是口感比嫩白豆芽略偏柴一点，不影响食用。