多宝鱼的鳞片细且软，集中藏在鱼皮褶皱里，内脏集中在腹腔，处理时刮净表层软鳞再掏空内脏即可，不需要额外剔除整层鱼皮。
1、处理鱼鳞：多宝鱼的鱼鳞很小很软，不需要用刮鳞刀硬刮，先把多宝鱼放在40度左右的温水里浸泡2分钟，用干净的钢丝球逆着鱼身轻轻擦一遍，就能把藏在褶皱里的细鳞全部带下来，鱼肚边缘的少量硬鳞，用刀背轻轻刮掉就可以。
2、处理内脏：处理完鱼鳞后，找到多宝鱼头部下方靠近肚皮的软开口，用剪刀剪开一个3厘米左右的口子，把里面的内脏、鱼鳃全部掏出来，还要把腹腔内壁的黑膜刮干净，这层黑膜是腥味的主要来源之一。
3、去腥处理：把清理干净的多宝鱼放到清水中，加入1勺料酒、3片姜片浸泡10分钟，泡好后用清水冲一遍就完成去腥；如果做清蒸，还可以在鱼身改刀后摆上姜片葱段，进一步去除土腥味。
处理多宝鱼不用刻意削掉整层鱼皮，只要清理干净细鳞、内脏和黑膜，简单去腥就可以下锅烹饪，过度处理反而会流失多宝鱼本身的鲜嫩口感。