莲藕大量储存，小规模批量存储可选用室内淤泥埋藏法，大规模批量存储选用恒温气调库法，两种方法都能实现1-6个月的长期存储，可基本保留莲藕的鲜度和脆感。
1、农户散户的大量储存操作：选阴凉通风、无阳光直晒的室内空地挖浅坑，提前备好疏松湿润的无杂质细淤泥，先在坑底铺10厘米厚的淤泥，把带原生泥、表皮完整无破损的莲藕平铺一层，再盖5-8厘米厚的淤泥，重复分层堆放，最后在顶层盖15厘米厚的湿润稻草保湿，储存环境温度控制在5-10℃，可以存2-3个月，随用随取不影响品质。
2、收购商、合作社的大规模批量储存操作：采挖后先初选，挑掉破皮、有伤、带虫眼的次品藕，好藕放在通风处预冷12小时，等藕体温度降到5℃以下再移入恒温气调库，储存期间控制库内温度在2-4℃、空气湿度在90%-95%，调整氧气浓度为5%-8%、二氧化碳浓度为3%-5%，这种方法可以储存4-6个月，损耗率能控制在5%以内，适合跨季节销售的大量囤货需求。
3、储存过程中避免发黑变质的方法：首先入储前必须严格初选，任何带伤口的藕都不能混进好藕里批量储存，否则会快速腐烂发黑，还会传染周边完好的莲藕；其次尽量带原生泥储存，不要提前清洗，原生泥能隔绝空气，避免藕肉接触氧气氧化发黑；如果已经洗过的藕，可先放入1%浓度的淡盐水浸泡10分钟，捞出控干表面水分后再储存；另外储存区域要远离酒水，沾了酒的莲藕会快速腐坏变质，储存期间每隔1个月抽查一次，及时挑出变软变质的藕，就能避免大面积发黑变质。