鲜百合优先放在低温密封环境保存，根据计划的食用时长选择对应的存放方式，就能长期保持鲜百合的新鲜度。
1、1周内短期存放：先挑出表皮有破损、腐烂的百合块，把完好的百合表面水分擦干，用厨房纸包裹后装入带1-2个透气小孔的保鲜袋，放进冰箱冷藏室的果蔬层，温度控制在2-4℃即可，这种方法能隔绝多余氧气，避免百合氧化变黑，存放7天依然脆嫩新鲜。
2、1个月内中期存放：如果是带原土的整颗鲜百合，可以准备干净的泡沫箱，铺一层3厘米厚的湿润细沙，把百合整颗埋进细沙里，放在阴凉通风避开直射光的室内角落，这种方法能让百合保持活性，既不会腐烂脱水，也不容易变黑。
3、3个月以上长期存放：把鲜百合逐瓣掰开，去掉破损发黑的部分，清洗干净后放到加了少许食盐的开水中焯水1分钟，捞出立刻过凉水降温，完全沥干水分后按每次食用的分量分成小份，装进密封保鲜袋后放进冰箱冷冻室保存，吃之前提前解冻即可，不会变色变味。
鲜百合存放前一定要先挑出坏果，坏果上的霉菌很容易污染整颗百合，哪怕存放方法正确也会很快变质。