1、品种不同：泥鳅属于鳅科，我国南方分布较多，北方不常见。全年都可采收，夏季最多，泥鳅捕捉后，可鲜用或烘干用。可食用、入药。泥鳅被称为“水中之参”。而鳝鱼属合鳃鱼目，合鳃鱼科，黄鳝属。亦称黄鳝、罗鳝、蛇鱼、血鳝、常鱼、长鱼等。
2、体型不同：泥鳅体为长圆柱形，尾部侧扁，口下位，呈马蹄形。口须5对，上颌3对，较大，下颌2对，一大一小。尾鳍圆形，鳞片细小，埋于皮下。体背及背侧灰黑色，并有黑色小斑点。体侧下半部白色或浅黄色。黄鳝体细长呈蛇形，体前圆后部侧扁，尾尖细。头长而圆。口大，端位，上颌稍突出，唇颇发达。
3、营养成分不同：泥鳅每100g泥鳅热量15.00大卡，碳水化合物2.90g，脂肪0.20g，蛋白质0.80g，纤维素0.50g，泥鳅肉质鲜美，营养丰富，富含蛋白质，还有多种维生素，并具有药用价值，是人们所喜爱的水产佳品。黄鳝每100g含水分80g，蛋白质18.8g，脂肪0.9g，灰分1g，钙38mg，磷150mg，铁1.6mg。益气血、补肝肾、强筋骨、祛风湿。收益：两者都有一定的营养价值，而且成活率高，养殖可以用来销售。