1、干燥储存，香菇无论是鲜香菇还是干香菇他们的吸水性强，当香菇中水量高时就容易氧化发生霉，造成他们不易贮存。所以我们要将香菇干燥后再进行储存。储存容器内可以放入适量的干木炭或块状石灰等吸食湿剂，吸湿防潮。
2、密封储存。氧化是香菇质变的过程，所以我们要制造出切断供氧的环境，就可以抑制其氧化变质。我们可用陶瓷缸或铁罐等可密封的容器来盛放香菇，同时容器应内衬食品袋。在存放的过程中要尽量少开容器口，封口时要排出食品袋内的空气，当然有条件的可以用抽氧充氮袋贮存。
3、低温储存。香菇必须在通风低温处储存，最好可把装香菇的容器密封后放于冰箱或冷库中储存。
4、避光储存。红外线会使香菇升温，紫外线会引发光化作用，而加快香菇变质。所以必须避免在强光下储存香菇，同时也要避免用透光材料进行包装。
5、单独储存。香菇不仅能吸水还具有极强的吸附性，容易窜味，必须单独贮存，同时不用有气味挥发的容器或吸附有异味的容器储存香菇。