1、选种催芽。黑珍珠番茄种植前，选择籽粒饱满、无病害的种子，在50度的热水中浸泡，搅拌至常温后捞出洗净，重新放入清水中浸泡6小时，捞出用湿润的纱布包裹，环境温度保持在26-30度催芽。
2、整地育苗。黑珍珠番茄适合在土层疏松、排水透气的地块，深耕后施入腐熟的有机肥，浇足水让土壤湿润，采用撒播的方式种入催芽后的种子，覆盖0.5厘米干燥土壤，加盖透明薄膜，起到保温保湿的作用，加快出苗速度。
3、移栽定植。黑珍珠番茄苗株长出后，一般用高垄双行的方法定植，根据苗株大小按照60-80厘米的宽度，40-50厘米的株距挖栽植穴，种入苗株覆盖土壤，铺上地膜并压实，穗果膨大期间少量浇水，提供充足的养分。
4、病虫防治。黑珍珠番茄种植期间，容易遭受白粉虱的侵蚀，感染灰雾病、叶霉病等病害，遭受虫害时可以在田间悬挂黄色的粘虫板，喷施蚍虫啉等药剂防治，感染病害时选择多菌灵、百菌清等要药剂稀释喷洒防治。