马达加斯加人种的主流肤色为浅棕褐色，不同族群分布着从浅黄褐色到深黑色的多种肤色，不存在统一的单一肤色。
A、分族群来看，占马达加斯加总人口多数的梅里纳、贝齐米萨拉卡等族群，混血比例高，大多都是浅棕褐色肤色；靠近非洲大陆西南部的少数本土族群，保留更多非洲黑人基因，肤色多为深黑色。
B、马达加斯加人肤色差异大，核心根源是族群的多元起源：马达加斯加岛的最早居民是公元前后从东南亚迁徙来的南岛语族，之后才有大批非洲班图黑人从大陆迁入，两类族群融合本身就带来了不同的肤色基因。
C、后续千年里阿拉伯商人、欧洲殖民者的陆续迁入，进一步带来了浅肤色基因，不同族群通婚融合的程度不同，最终形成了跨度很大的肤色差异。
马达加斯加孤悬非洲大陆东南的印度洋上，特殊的移民历史造就了它独特的人种肤色特征，和非洲大陆本土族群有明显区别。