多数情况下，黄瓜鱼就是黄花鱼的民间俗称，野生黄花鱼和广义的黄瓜鱼属于同一物种，不过受地域叫法影响，二者也存在明确区别，具体整理如下：
1、名称指代的区别：野生黄花鱼的正式名称就是黄花鱼，市场上一般特指中国沿海野生的大黄鱼；而黄瓜鱼本是黄花鱼的俗称，得名于新鲜黄花鱼自带的类似黄瓜的清香味，不过部分南方地区也会把淡水黄颡鱼叫做黄瓜鱼，这时候二者就是完全不同的鱼类。
2、物种属性的区别：如果是不同指代的两类鱼，野生黄花鱼属于石首鱼科，是海水洄游鱼类，只栖息在近海海域；被叫做黄瓜鱼的淡水黄颡鱼属于鲿科，是淡水底栖鱼类，多生活在江河湖泊中，物种属性完全不同。
3、市场价值的区别：就算都指代海产黄花鱼，市场也习惯把养殖黄花鱼叫做黄瓜鱼，以此和野生黄花鱼区分，这种情况下二者的区别在于价格和品质：野生黄花鱼产量稀少，价格远高于养殖黄瓜鱼，肉质也更细嫩鲜香，整体价值差很大。
大家选购的时候要注意区分地域叫法差异，目前野生大黄鱼属于保护物种，不要购买非法捕捞的野生个体。