大米变黑本质是存放过程中发生变质，绝大多数情况是霉菌繁殖污染导致，少数是米虫蛀蚀后的污染物残留造成。
1、受潮滋生霉菌。大米本身带有一定水分，如果长期存放在潮湿闷热的环境，比如靠近水槽的厨房台面、不透气的塑料袋中，霉菌就会在米粒表面快速繁殖，霉菌产生的色素会把米粒染成黑色，这是大米变黑最常见的原因。
2、虫蛀后污染残留。大米存放时间过长或环境驱虫不到位，很容易滋生米虫。米虫啃咬米粒后，排泄物、虫卵和死亡虫体都会残留在米粒缝隙和米堆中，也会导致局部米粒发黑，这种情况一般只有小部分大米受影响。
3、不管是霉菌污染还是虫蛀污染导致的大米变黑，都不建议食用。霉菌引发的黑变大米很可能携带黄曲霉毒素，这种毒素毒性较强，普通烹饪的高温无法将其完全破坏，长期食用会损伤肝脏；就算是虫蛀导致的发黑，米粒也已经被病菌和排泄物污染，食用后很容易引发腹痛、腹泻等肠胃不适。
日常存放大米最好放在干燥、阴凉、通风处，用带盖的密封容器盛装，放少量干花椒或者大蒜就能起到防潮驱虫的作用，发现大米变黑变质后及时丢弃即可，不要抱有侥幸心理食用。