甲鱼可以通过外形特征分辨公母，成年个体分辨准确率很高，未成年甲鱼因为性特征未发育完全，分辨误差相对较大。
1、看尾部特征，这也是分辨甲鱼公母最准确的位置。公甲鱼的尾巴更长更粗，基部会明显突出，整个尾巴会伸出背甲的边缘之外；母甲鱼的尾巴短细，基本不会露出背甲，最多只露出一点点尖端。
2、看腹部形态。公甲鱼的腹部呈现明显的凹入形态，方便交配的时候贴合母甲鱼的背壳；母甲鱼的腹部是平整或者略微凸出的，给体内的甲鱼卵留出发育空间。
3、看背甲和整体体型。同生长年龄的甲鱼，公甲鱼的背甲偏狭长，整体身形更修长；母甲鱼的背甲偏圆润宽阔，身形也更肥厚。
分辨甲鱼的时候要注意避开头部，甲鱼咬合力很强，被咬后很难挣脱，如果是野生保护种类的甲鱼不要随意捕捞买卖。